2 × האָטסטאַרט טאַק פּקר מיקס

א -1 מוסטער

■ דער מוסטער כּולל פּראָטעין ימפּיוראַטיז אָדער טאַק ינכיבאַטערז עטק .—— רייניקן דנאַ מוסטער, באַזייַטיקן פּראָטעין ימפּיוראַטיז אָדער עקסטראַקט מוסטער דנאַ מיט רייניקונג קיץ.

■ די דענאַטוראַטיאָן פון די מוסטער איז נישט גאַנץ —— אַפּראָופּרייטלי פאַרגרעסערן דענאַטוראַטיאָן טעמפּעראַטור און פאַרלענגערן דענאַטוראַטיאָן צייט.

■ דערנידעריקונג פון מוסטער —— גרייטן דעם מוסטער צוריק.

א -2 אָנפאַנגער

■ נעבעך קוואַליטעט פון אָנפאַנגער —— סינטאַסייז ווידער די אָנפאַנגער.

■ דערנידעריקונג פון אָנפאַנגער —— עלימינירן די הויך קאַנסאַנטריישאַן פּרימערס אין אַ קליין באַנד פֿאַר פּרעזערוויישאַן. ויסמיידן קייפל ייַז קאַלט און טאָינג אָדער לאַנג-טערמין 4 ° C קריאָפּרעסערוועד.

■ ינאַפּראָופּרייט פּלאַן פון אָנפאַנגער (למשל אָנפאַנגער לענג איז נישט גענוג, דימער געשאפן צווישן אָנפאַנגער, עטק.) -רידיזיין אָנפאַנגער (ויסמיידן פאָרמירונג פון אָנפאַנגער דימער און צווייטיק סטרוקטור)

א -3 מג²⁺קאָנצענטראַציע

■ מג²⁺ קאַנסאַנטריישאַן איז צו נידעריק —— רעכט פאַרגרעסערן Mg²⁺ קאַנסאַנטריישאַן: אָפּטימיזע די מג²⁺ קאַנסאַנטריישאַן דורך אַ סעריע פון ​​ריאַקשאַנז פון 1 ממ צו 3 ממ מיט אַ מעהאַלעך פון 0.5 ממ צו באַשטימען די אָפּטימאַל מג²⁺ קאַנסאַנטריישאַן פֿאַר יעדער מוסטער און אָנפאַנגער.

א -4 אַנילינג טעמפּעראַטור

■ די הויך אַנילינג טעמפּעראַטור אַפעקץ די ביינדינג פון אָנפאַנגער און מוסטער. - רעדוצירן די אַנילינג טעמפּעראַטור און אַפּטאַמייז די צושטאַנד מיט אַ גראַדיענט פון 2 ° C.

א -5 עקסטענסיאָן צייט

■ קורץ פאַרלענגערונג צייט —— פאַרגרעסערן די פאַרלענגערונג צייט.

פענאָמענאַ: נעגאַטיוו סאַמפּאַלז אויך ווייַזן די ציל סיקוואַנס באַנדס.

א -1 קאַנטאַמאַניישאַן פון פּקר

■ קרייז קאַנטאַמאַניישאַן פון ציל סיקוואַנס אָדער אַמפּלאַפאַקיישאַן פּראָדוקטן —— קערפאַלי נישט צו שטעלן די מוסטער מיט די ציל סיקוואַנס אין די נעגאַטיוו מוסטער אָדער פאַרגיסן זיי פֿון די סענטריפוגע רער. די רייידזשאַנץ אָדער ויסריכט זאָל זיין אַוטאָקלאַוועד צו עלימינירן יגזיסטינג נוקלעיק אַסאַדז, און די עקזיסטענץ פון קאַנטאַמאַניישאַן זאָל זיין באשלאסן דורך נעגאַטיוו קאָנטראָל יקספּעראַמאַנץ.

■ רייידזשאַנט קאַנטאַמאַניישאַן —— אַליקאָט די רייידזשאַנץ און סטאָרז ביי נידעריק טעמפּעראַטור.

א -2 פּרייםr

■ מג²⁺ קאַנסאַנטריישאַן איז צו נידעריק —— רעכט פאַרגרעסערן Mg²⁺ קאַנסאַנטריישאַן: אָפּטימיזע די מג²⁺ קאַנסאַנטריישאַן דורך אַ סעריע פון ​​ריאַקשאַנז פון 1 ממ צו 3 ממ מיט אַ מעהאַלעך פון 0.5 ממ צו באַשטימען די אָפּטימאַל מג²⁺ קאַנסאַנטריישאַן פֿאַר יעדער מוסטער און אָנפאַנגער.

■ ימפּראַפּער אָנפאַנגער פּלאַן, און דער ציל סיקוואַנס האט האָמאָלאָגי מיט די ניט-ציל סיקוואַנס. —— ווידער-פּלאַן פּרימערס.

פענאָמענאַ: די פּקר אַמפּלאַפאַקיישאַן באַנדס זענען סתירה מיט די דערוואַרט גרייס, אָדער גרויס אָדער קליין, אָדער טייל מאָל אַ ספּעציפיש אַמפּלאַפאַקיישאַן באַנדס און ניט-ספּעציפיש אַמפּלאַפאַקיישאַן באַנדס פּאַסירן.

א -1 אָנפאַנגער

■ נעבעך אָנפאַנגער ספּעסיפיסיטי

—— ווידער-פּלאַן אָנפאַנגער.

■ די אָנפאַנגער קאַנסאַנטריישאַן איז צו הויך —— רעכט פאַרגרעסערן די דענאַטוראַטיאָן טעמפּעראַטור און פאַרלענגערן די דענאַטוראַטיאָן צייט.

א -2 מג²⁺ קאָנצענטראַציע

■ די מג²⁺ קאַנסאַנטריישאַן איז צו הויך —— ריכטיק רעדוצירן די Mg2+ קאַנסאַנטריישאַן: אָפּטימיזע די מג²⁺ קאַנסאַנטריישאַן דורך אַ סעריע פון ​​ריאַקשאַנז פון 1 ממ צו 3 ממ מיט אַ מעהאַלעך פון 0.5 ממ צו באַשטימען די אָפּטימאַל מג²⁺ קאַנסאַנטריישאַן פֿאַר יעדער מוסטער און אָנפאַנגער.

א -3 טערמאָסטאַבלע פּאָלימעראַסע

■ יבעריק סומע פון ​​ענזיים —— רעדוצירן די סומע פון ​​ענזיים צונעמען אין ינטערוואַלז פון 0.5 יו.

א -4 אַנילינג טעמפּעראַטור

■ די אַנילינג טעמפּעראַטור איז צו נידעריק —— אַפּראָופּרייטלי פאַרגרעסערן די אַנילינג טעמפּעראַטור אָדער אַדאַפּט די צוויי-בינע אַנילינג אופֿן

A-5 פּקר סייקאַלז

■ צו פילע פּקר סייקאַלז —— רעדוצירן די נומער פון פּקר סייקאַלז.

א -1 אָנפאַנגער—— נעבעך ספּעסיפיסיטי —— רע-פּלאַן די אָנפאַנגער, טוישן די שטעלע און לענג פון די אָנפאַנגער צו פאַרבעסערן זייַן ספּעסיפיסיטי; אָדער דורכפירן נעסטעד פּקר.

א -2 מוסטער דנאַ

—— די מוסטער איז נישט ריין —— רייניקן די מוסטער אָדער עקסטראַקט דנאַ מיט רייניקונג קיץ.

א -3 מג²⁺ קאָנצענטראַציע

—— מג²⁺ קאַנסאַנטריישאַן איז צו הויך —— רעכט רעדוצירן מג²⁺ קאַנסאַנטריישאַן: אָפּטימיזע די מג²⁺ קאַנסאַנטריישאַן דורך אַ סעריע פון ​​ריאַקשאַנז פון 1 ממ צו 3 ממ מיט אַ מעהאַלעך פון 0.5 ממ צו באַשטימען די אָפּטימאַל מג²⁺ קאַנסאַנטריישאַן פֿאַר יעדער מוסטער און אָנפאַנגער.

א -4 דנטפּ

—— די קאַנסאַנטריישאַן פון דנטפּס זענען צו הויך —— רעדוצירן די קאַנסאַנטריישאַן פון דנטפּ אַפּראָופּרייטלי

א -5 אַנילינג טעמפּעראַטור

—— צו נידעריק אַנילינג טעמפּעראַטור —— אַפּראָופּרייטלי פאַרגרעסערן די אַנילינג טעמפּעראַטור

א -6 סייקאַלז

—— צו פילע סייקאַלז —— אָפּטימיזע די ציקל נומער

דער ערשטער שריט איז צו קלייַבן די צונעמען פּאָלימעראַסע. רעגולער טאַק פּאָלימעראַסע קענען ניט פּרופריד ווייַל פון פעלן פון 3'-5 'עקסאָנוקלעאַסע טעטיקייט, און מיסמאַטש וועט שטארק רעדוצירן די פאַרלענגערונג עפעקטיווקייַט פון פראַגמאַנץ. דעריבער, רעגולער טאַק פּאָלימעראַסע קענען נישט יפעקטיוולי אַמפּלאַפיי ציל פראַגמאַנץ גרעסער ווי 5 קב. טאַק פּאָלימעראַסע מיט ספּעציעל מאַדאַפאַקיישאַן אָדער אנדערע הויך -פאַדעלאַטי פּאָלימעראַס זאָל זיין אויסגעקליבן צו פֿאַרבעסערן די פאַרלענגערונג עפעקטיווקייַט און טרעפן די באדערפענישן פון אַ לאַנג פראַגמענט אַמפּלאַפאַקיישאַן. אין אַדישאַן, די אַמפּלאַפאַקיישאַן פון לאַנג פראַגמאַנץ אויך ריקווייערז קאָראַספּאַנדינג אַדזשאַסטמאַנט פון אָנפאַנגער פּלאַן, דענאַטוראַטיאָן צייט, פאַרלענגערונג צייט, באַפער pH, עטק. כּדי צו פאַרמיידן מוסטער שעדיקן, די דענאַטוראַטיאָן צייט ביי 94 ° C זאָל זיין רידוסט צו 30 סעק אָדער ווייניקער פּער ציקל, און די צייט צו העכערונג טעמפּעראַטור צו 94 ° C איידער אַמפּלאַפאַקיישאַן זאָל זיין ווייניקער ווי 1 מין. דערצו, באַשטעטיקן די פאַרלענגערונג טעמפּעראַטור צו וועגן 68 ° C און דיזיינינג די פאַרלענגערונג צייט לויט די קורס פון 1 קב/מין קענען ענשור עפעקטיוו אַמפּלאַפאַקיישאַן פון לאַנג פראַגמאַנץ.

די טעות קורס פון PCR אַמפּלאַפאַקיישאַן קענען זיין רידוסט דורך די נוצן פון פאַרשידן דנאַ פּאָלימעראַסעס מיט הויך פאַדעלאַטי. צווישן אַלע די טאַק דנאַ פּאָלימעראַסעס געפֿונען ביז איצט, Pfu ענזיים האט די לאָואַסט טעות קורס און די העכסטן פאַדעלאַטי (זען אַטאַטשט טיש). אין אַדישאַן צו ענזיים סעלעקציע, ריסערטשערז קענען רעדוצירן די PCR מיוטיישאַן קורס דורך אָפּטימיזינג אָפּרוף טנאָים, אַרייַנגערעכנט אָפּטימיזינג באַפער זאַץ, קאַנסאַנטריישאַן פון טערמאָסטאַבלע פּאָלימעראַס און אָפּטימיזינג פּקר ציקל נומער.